De 74-jarige Koubek was in december 2025 de opvolger van de ontslagen Ivan Hasek en loodste Tsjechië via de Europese play-offs voorbij Ierland en Denemarken naar zijn eerste WK in twintig jaar. De Tsjechen, die op EURO 2020 nog de kwartfinales haalden, stelden echter teleur op de eindronde van de Wereldbeker en eindigden na nederlagen tegen Zuid-Korea (2-1) en Mexico (0-3) en een gelijkspel tegen Zuid-Afrika (1-1) met 1 op 9 als laatste in groep A.

"Na het mislukte WK, waarvoor ik als hoofdtrainer medeverantwoordelijk ben, ben ik na afweging van alle omstandigheden tot de conclusie gekomen dat ik mijn functie ter beschikking zal stellen aan bondsvoorzitter David Trunda", reageert Koubek op zijn ontslag. "Na een wederzijds overleg heeft de voorzitter mijn voorstel aanvaard. Het gevolg hiervan is dat mijn functie bij de nationale ploeg wordt beëindigd. Ook de mediacampagne, gebaseerd op een reeks halve waarheden en verzinsels tegen mijn persoon, heeft bijgedragen aan mijn besluit. In deze sfeer zou mijn werk voor de Tsjechische nationale ploeg geen zin meer hebben."