Naessens avait commencé avec les jeunes de Zulte Waregem en 2006 avant de passer en équipe première en 2010. Avec six buts en 34 matchs, il a grandement contribué à l'excellente saison 2012-2013 du Essevee, lorsque les Ouest-Flandriens avaient terminé deuxièmes derrière Anderlecht. Lors de la journée de clôture des Playoffs 1 contre les Mauves et Blancs, Naessens avait propulsé Zulte vers le titre à la 56e, mais trois minutes plus tard, Anderlecht a égalisé sur un coup franc dévié, tiré par Lucas Biglia.

Jens Naessens avait pris la direction de Malines en 2014 où il n'a jamais été titulaire indiscutable. Il a ensuite évolué à l'Antwerp (2016) avant de revenir à Zulte Waregem (2016-2017), et d'enchaîner à Westerlo (2017-2019) et Roulers (2019-2020). Il a également joué trois mois en troisième division italienne à Foggia avant de boucler sa carrière en Belgique, au Lierse (2021-2023), à Knokke (2023-2024) et à Roulers encore (2024-2026).

Son corps le pousse aujourd'hui à raccrocher les crampons. "C'est avec beaucoup de peine que je dois quitter le football. Je suis reconnaissant pour toutes les opportunités, expériences et souvenirs. Malheureusement, mon corps me dit que c'est suffisant. Merci à tous les clubs qui m'ont fait évoluer", a-t-il écrit sur son compte Instagram.